Suatu hari, seluruh umat manusia berubah menjadi batu karena kilatan cahaya yang menyilaukan. Setelah beberapa ribu tahun berlalu, anak SMA bernama Taiju terbangun dan dikejutkan dengan perubahan dunia. Namun, dia tidak sendirian. Temannya yang mencintai ilmu pengetahuan, Senku, telah bangkit dan bekerja sendirian selama beberapa bulan. Senku memiliki rencana besar dalam benaknya. Dia ingin memulai peradaban manusia dari nol dengan kekuatan ilmu pengetahuan.